In den ersten Jahrzehnten des 13. Jahrhunderts entstand im Anschluss an eine vorstädtische Burganlage und eine vermutlich namengebende bäuerliche Siedlung nach und nach die Ortschaft Bremgarten. Wohl um 1240 verlieh ihr Graf Rudolf von Habsburg, der spätere König, zähringisches Stadtrecht. Als habsburgisch-österreichische Gründung führt die Stadt das Wappen ihrer Herrschaft, den roten Löwen auf weissem Grund.

Dank dem wichtigen Reussübergang und der Nähe eines ansehnlichen Hinterlandes entwickelte sich die früh stark befestigte Anlage zu einem bedeutenden regionalen Marktort mit einer angesehenen Lateinschule und einem reichen kirchlichen Leben.

Das 15. Jahrhundert war auch eine Zeit der kulturellen Blüte der Stadt, dazu sind folgende bedeutende Namen zu nennen: Niklaus von Wile, erster Humanist nördlich der Alpen, Wernher Schodoler, Verfasser einer dreibändigen illustrierten Eidgenössischen Chronik, Heinrich Bullinger, Zwinglis Nachfolger am Zürcher Grossmünster und Johannes Aal, bedeutender Dramatiker). Dieses Jahrhundert brachte Bremgarten trotz der Eingliederung in die Gemeinen Herrschaften der Alten Eidgenossenschaft (1415) den Ausbau der städtischen Vogteien in Keller- und Niederamt. Bedeutsam war die Rolle, welche Bremgarten in der Zeit der Reformation spielte: 1529 gab Dekan Heinrich Bullinger den erstaunten Bremgarter Bürgern seinen Übertritt zur neuen Lehre bekannt, bald darauf folgte ihm die Einwohnerschaft. Jedoch 1531, nach der Schlacht bei Kappel, erfolgte auf Druck der katholischen Orte der Umschwung. An Stelle des in der Schlacht gefallenen Ulrich Zwingli wurde der jüngere Bullinger als dessen Nachfolger nach Zürich berufen. Wernher Schodoler, Schultheiss und Verfasser einer dreibändigen Schweizerchronik, blieb in seiner Heimatstadt. Er war dem alten Glauben treu geblieben und hatte als Vermittler einen Bruderzwist unter den Bremgartern zu verhindern gewusst.Nach dem zweiten Villmergerkrieg von 1712 wurde die Stadt mit dem unteren Freiamt Bern, Zürich und Glarus unterstellt.
Zur Revolutionszeit fand der spätere französische König Louis-Philippe hier Zuflucht. 1799 leitete General Massena aus seinem Hauptquartier im ehemaligen Gasthof Hirschen den Kampf der Franzosen und Russen um Zürich.

Die Helvetik vereinigte dann das Freiamt mit dem kurzlebigen Kanton Baden. Seit 1803 gehört Bremgarten zum neugeschaffenen Kanton Aargau und wurde Bezirkshauptort.
Mit der neuen Zeit kamen neue Ideen. Grosse Teile der Stadtmauern wurden gesprengt. Die Stadt öffnete sich und weitete sich aus; neue Aussenquartiere wurden geschaffen und die Strassen ins Bünz- und ins Limmattal ausgebaut. Der Bau der heutigen Bremgarten-Dietikon-Bahn (BD) zog sich lange hin: 1876 wurde die Strecke Wohlen - Bremgarten West eröffnet (damals als Zweiglinie der „Centralbahn“). 1902 folgte das wichtige Teilstück Bremgarten Obertor - Dietikon, erst 1912 verband eine Bahnbrücke die beiden Linien. Das 19. Jahrhundert brachte die ersten modernen Industriebetriebe, welche die Wasserkraft der Reuss nutzten.

Von den vielen weltlichen und kirchlichen Bräuchen früherer Zeiten werden einzelne noch heute gepflegt: „Uusrüere“ am Fasnachtsdienstag, Kinderbesuche durch den Nikolaus mit seinen „Schmutzlis“ und das „Umesinge“ jahrhundertealter Weihnachtslieder durch Knaben und Mädchen, die damit von Haus zu Haus ziehen und so den Anwohnern ein glückliches Neujahr wünschen. Eine grosse Zahl von Gläubigen „wallfahren“ am vierten Sonntag im Oktober zum Katakomben- Heiligen Synesius, dessen Reliquien die Stadtkirche (röm.-kath.) seit 1653 bewahrt. Erhalten geblieben sind ebenso die gut besuchten, grossen Jahrmärkte am Oster- und Pfingstmontag, die Tausende von Besuchern anziehen.
Bremgarten entwickelte sich vom kaum 1000 Seelen zählenden mittelalterlichen Städtlein zur Kleinstadt mit rund 5300 Einwohnern. Verkehrstechnisch besitzt es durch die BD guten Anschluss an die S-Bahn in Dietikon und damit in den Grossraum Limmattal-Zürich. Verschiedene Postautokurse schaffen Verbindungen nach Affoltern a/A, Baden, Mellingen und Muri. Die neue Umfahrungsstrasse hat 1994 die geplagte Altstadt vom Durchgangsverkehr befreit.

Die weitgehend unberührte Flusslandschaft unterhalb von Bremgarten ist ein beliebtes Ausflugsziel. Dazu lädt auch das nach einem Kraftwerkbau (1972) im Gebiet zwischen Rottenschwil und Bremgarten neu geschaffene Naturreservat mit dem Flachsee (Stauraum der Reuss) zum Wandern ein.

Bis in die entferntesten Ecken der Schweiz ist Bremgarten seit 1952 als eidgenössischer Waffenplatz der Genietruppen bekannt. Die fast unversehrt erhaltene Altstadt wird mit Liebe und Verständnis gepflegt. Noch stehen Türme und Teile der alten Stadtmauern und führt die gedeckte Holzbrücke über die Reuss. Der einzigartige Kirchenbezirk und die alten Plätze und Gassen strahlen Geborgenheit aus.